Od 2010 roku Marek Kowalski wchodził w skład Komisji Trójstronnej, a następnie Rady Dialogu Społecznego – instytucji powołanej przez Sejm Rzeczpospolitej Polskiej w celu osiągania kompromisu między pracodawcami, związkami zawodowymi a stroną rządową na etapie stanowienia prawa.
Od listopada 2010 roku przewodniczył także Podzespołowi do spraw outsourcingu w obiektach służby zdrowia. Również od 2010 roku uczestniczy w posiedzeniach komisji sejmowych i senackich RP związanych z sektorem zamówień publicznymi, rynkiem pracy oraz zatrudnieniem osób niepełnosprawnych.
W 2012 roku powołany przez Ministra Pracy do Krajowej Rady Konsultacyjnej do Spraw Osób Niepełnosprawnych. W kwietniu 2013 roku Marek Kowalski został powołany przez Ministra Pracy i Polityki Społecznej RP do składu plenarnego Komisji Trójstronnej.
Współzałożyciel Polskiego Stowarzyszenia Czystości, w którym od 2002 roku pełni funkcję Prezesa Zarządu. Od 2008 po przekształceniu PSC w Izbę Gospodarczą pełni w niej również funkcję Prezesa Zarządu.
W latach 2005 – 2007 zajmował stanowisko Wiceprezesa Zarządu Europejskiej Federacji Czystości. Od 2009 roku członek Zarządu Europejskiego ISSA World.
W roku 2012 współautor „Księgi standardów w zamówieniach publicznych” opracowanej dla Polskich Kolei Państwowych
Utytułowany honorowym członkostwem International Supply Sanitary Asociation, a także przyznawaną przez ISSA World prestiżową nagrodę – Jack Ramaley Industry Distinguished Service Award.