Przepisy Działu XI rozdziału I nie modyfikują zakresu uprawnień kontrolnych Instytucji Zarządzających dla zamówień współfinansowanych ze środków UE. Instytucje te, a także inne podmioty kontrolujące zamówienia współfinansowane ze środków UE w dalszym ciągu będą mogły dokonywać oceny w zakresie nieprawidłowości, których wystąpienie ma lub może mieć wpływ na wynik postępowania. Art. 601 ust. 1 ustawy Pzp stanowiący, że podstawę stwierdzenia, że postępowanie o udzielenie zamówienia zostało przeprowadzone niezgodnie z ustawą, stanowi naruszenie przepisu ustawy, które miało wpływ na wynik tego postępowania nie znajduje zastosowania dla kontroli prowadzonych wobec postępowań współfinansowanych ze środków UE (art. 601 ust. 2 ustawy Pzp).