Jak wskazano w uzasadnieniu do projektu ustawy Prawo zamówień publicznych (Druk sejmowy 3624), zasada współpracy i uwzględniania wyników kontroli przeprowadzonych przez Prezesa UZP lub inne organy kontroli ma na celu ograniczenie przypadków odmiennych interpretacji przepisów czy dublowania postępowań kontrolnych u tych samych zamawiających. Jednak, kontrola zamówień publicznych powinna być dokonywana w zgodzie z przepisami zawartymi w ustawie, a także przepisami odrębnymi właściwymi dla poszczególnych organów. (…) Zasady wskazane w prawie zamówień publicznych nie wpływają na ustawowe kompetencje poszczególnych organów, a wskazują ramy metodologiczne samego procesu przeprowadzania kontroli. Zatem sposób i zakres uwzględnienia wyników kontroli innego organu kontroli jest uzależniony od regulacji dotyczących prowadzenia kontroli przez organ rozważający takie uwzględnienie. Ustawa Pzp, co do zasady, nakazuje uwzględniać wyniki kontroli innych organów kontroli, jednak nie oznacza to automatyzmu. W okolicznościach, gdyby obligatoryjny byłby automatyzm – bezprzedmiotowe byłoby uprawnienie organu kontroli do zwrócenia się do Prezesa Urzędu na podstawie art. 469 pkt 23 ustawy Pzp o wydanie opinii w przypadku wątpliwości interpretacyjnych co do przepisu ustawy pomiędzy organami kontroli. Organ kontroli może zatem nie podzielić oceny prawnej danego działania lub zaniechania zamawiającego dokonanej przez inny organ kontroli.
Ustalenia formy i sposobu uwzględnienia wyników kontroli, to jest, czy możliwe jest odstąpienie od kontroli danego, kontrolowanego wcześniej postępowania lub przyjęcie za własne wyników kontroli prowadzonej przez inny organ kontroli, czy też konieczne jest przeprowadzenie czynności kontrolnych – należy dokonać w oparciu o przepisy właściwe dla konkretnego organu kontroli w określonej sytuacji faktycznej. Zasadą jest jednak unikanie powtarzania kontroli tego samego postępowania, a jeśli nie jest to możliwe – formułowania odmiennych ocen.