Zgodnie z art. 147 ust. 2 ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych (Dz. U. z 2013 r. poz. 907, z późnb. zm.), dalej "ustawa Pzp", zabezpieczenie należytego wykonania umowy służy do pokrycia roszczeń z tytułu niewykonania lub nienależytego wykonania zamówienia. Funkcją instytucji "zabezpieczenia" jest zatem umożliwienie zamawiającemu zaspokojenia jego roszczeń wynikłych z niewłaściwego wywiązania się wykonawcy z zobowiązania określonego treścią umowy w sprawie zamówienia publicznego, poprzez pokrycie tych roszczeń z kwoty zabezpieczenia bez konieczności występowania na drogę sądową.
Przepisy ustawy Pzp nie regulują kwestii związanych z roszczeniami z tytułu niewykonania lub nienależytego wykonania zamówienia, odsyłając w tym zakresie, stosownie do dyspozycji art. 139 ust. 1 ustawy Pzp, do przepisów Kodeksu cywilnego.
Zgodnie z art. 471 Kc dłużnik obowiązany jest do naprawienia szkody wynikłej z niewykonania lub nienależytego wykonania zobowiązania, chyba że niewykonanie lub nienależyte wykonanie jest następstwem okoliczności za które dłużnik odpowiedzialności nie ponosi. Skutkiem zachowania się dłużnika niezgodnego z treścią zobowiązania jest więc jego odpowiedzialność odszkodowawcza wiążąca się jednocześnie z roszczeniem wierzyciela do naprawienia szkody. Uprawnienia przysługujące wierzycielowi w przypadku niewykonania lub nienależytego wykonania zobowiązania uregulowane są w działach II i III tytułu VII księgi trzeciej Kodeksu cywilnego zatytułowanych "Skutki niewykonania zobowiązań" oraz "Wykonanie i skutki niewykonania zobowiązań z umów wzajemnych".
Mając powyższe na uwadze należy stwierdzić, iż zamawiający może pokryć środkami z zabezpieczenia należytego wykonania umowy należności, których dochodzenie jest dozwolone przepisami prawa lub postanowieniami umowy, jako sposobu naprawienia szkody spowodowanej niewykonaniem lub nienależytym wykonaniem zamówienia, w tym również wykonania zastępczego czy zapłaty zastrzeżonej w umowie sumy (kary umownej).